Третий сезон вышел в прокат в октябре 2006 года. Однако в декабре по неизвестным причинам прокат был приостановлен. Только в январе 2007 года трансляции (сериал «Звездный Крейсер Галактика») были продолжены. Последние две части сезона имели название «Перекрестки». Время проката сериала всегда было неизменным, кроме одного периода времени, когда канал «Sci Fi» сместил время на десять часов вечера.
Неугомонные роботы-сайлоны, используя выдающегося ученого и изобретателя Балтара, начинают войну и захватывают двенадцать поселений человечества, разгромив почти всех жителей. Однако уцелевшие умудрились улететь в космос, чудом спасаясь от нападок врага – киборгов. Из всего вооружения повстанцев остался лишь Звездный крейсер «Галактика». Теперь только этому космическому кораблю под силу сражаться и противостоять ужасным роботам-сайлонам. Только он способен защитить оставшихся в живых людей.